Al final resultó que el profesor Hirota, el hombre que guardaba el disquete con la información sobre la medicina que convirtió a Shinichi Kudo en Conan, no murió a manos de los Hombres de Negro, sino de uno de sus alumnos, Conan, Ai y el profesor Agase consiguen recuperar el disquete, sólo que un virus ha borrado toda la información. Conan vuelve a estar como al principio, pero Ai se quedará con el profesor Agase en calidad de sobrina, para ayudarles a buscar más pistas sobre la Organización. Tras resolver el delicado caso del escritor Nintaro Shinmei, Conan, Mouri y Ran aceptaron la invitación de Heiji Hattori, el joven detective de Osaka, para ir a visitar su ciudad. Por desgracia, cuando estaban paseando un hombre cayó sobre su coche. ¿Se trata de un accidente o es que los dos detectives juveniles más famosos de Japón, Kudo y Hattori, tienen que volver a enfrentarse a un asesinato?
